Please find the Component/ Controller/ Apex class.
Component:
<aura:component controller="Account_with_contacts_controller" implements="force:appHostable,flexipage:availableForAllPageTypes">    
    <aura:attribute name="listaccount" type="Account_with_contacts_controller.Wrapper_Account[]"/>    
   <aura:handler name="init" value="{!this}" action="{!c.doInit}"/>
   <aura:attribute name="contact" type="Contact" 
               default="{ 'sobjectType': 'Contact' }"/>
    <div class="slds-grid slds-m-around--medium ">
        <table class="slds-table slds-table--bordered slds-max-medium-table--stacked">
            <thead>
                <tr class="slds-text-heading--label">
                     <th scope="col"> </th>
                    <th scope="col">ID </th>
                    <th scope="col">Name</th>
                    <th scope="col">Phone</th>
                    <th scope="col">Billing City</th>

                </tr>
            </thead>
            <tbody>
                <aura:renderIf isTrue="{!v.listaccount.length!=0}">
                <aura:iteration items="{!v.listaccount}" var="item" indexVar="i">
                    <tr>
                        <td>
                          
                        </td>                           
                         <td>
                            <label class="slds-checkbox">
                                <ui:inputCheckbox class="selector" aura:id="{!i}" value="{!item.selected}" change="{!c.selectcheckbox}"/>
                                <span class="slds-checkbox--faux"></span>
                            </label>
                        </td>   
                        <td><ui:inputtext class="field" value="{!item.Name}"/></td>
                        
                        <td><ui:inputtext class="field" value="{!item.Phone}"/></td>
                        <td><ui:inputtext class="field" value="{!item.BillingCity}"/></td>
                         <aura:iteration items="{!item.Contacts}" var="contactitem" indexVar="j">
                          
                    <tr>
                        <td>
                          
                        </td>                           
                            
                        <td><ui:inputtext class="field" label="name" value="{!contactitem.Name}"/></td>
                        <td width="50%">{!contactitem.AccountId}<force:inputField value="{!contactitem.AccountId}"/> </td>
                        <td><ui:inputtext class="field" label="phone" value="{!contactitem.Phone}"/></td>
                        <td><ui:inputtext class="field" value="{!contactitem.Description}"/></td>
                        
                    </tr>      
                </aura:iteration> 
                    </tr>      
                </aura:iteration> 
                </aura:renderIf>
            </tbody>
        </table> 
    </div>
    
        <div>
        <button    style="float:centre" class="slds-button slds-button--brand slds-m-bottom--large slds-align--absolute-center btn-lg" onclick="{!c.UpdateAccounts}">Update Accounts</button>
        <br/>    
           </div>
</aura:component>
JS Controller:
({
    doInit : function(comp, event, helper) {
    var action = comp.get("c.GetAccount_Contact_Both");
        alert('I am here');
        action.setCallback(this, function(a) {  
            var result = a.getReturnValue();
            console.log(result);
            comp.set("v.listaccount", result);
            console.log(result[0].Contacts[0].AccountId);
            });
            $A.enqueueAction(action);        
    },
    UpdateAccounts: function(comp, event) {
    var action1 = comp.get("c.UpdateAccountsclass");
        action1.setParams({
            "Accountsupdate" : JSON.stringify(comp.get("v.listaccount"))
        });
                         console.log(comp.get("v.listaccount"));

        action1.setCallback(this, function(a) { 
            var result = a.getReturnValue();
             

            });
            $A.enqueueAction(action1);        
    }
                             
})​
Apex Controller:
public class Account_with_contacts_controller{
      @AuraEnabled
    Public static list<Wrapper_Account> GetAccount_Contact_Both()
    {
        list<account> listacc=new list<account>();
        
        list<Wrapper_Account> listaccWrap=new list<Wrapper_Account>();
        listacc=[select id,name,billingcity,phone,(select id,name,accountid,description,phone from contacts) from account limit 5];
        for(account acc:listacc)
        {
            List<wrapper_contact> wrapcontact=new list<wrapper_contact>();
            for(contact c:acc.contacts)
            {
                wrapcontact.add(new wrapper_contact(false,c.name,c.phone,c.description,c.id,c.AccountId));                
            }
            listaccWrap.add(new Wrapper_Account(false,acc.name,acc.phone,acc.billingcity,wrapcontact,acc.id));
        }
        return listaccWrap; 
    }
   @AuraEnabled
    Public static void UpdateAccountsclass(String Accountsupdate)
    {
         List<wrapper_account> ListAccountsupdate = (List<wrapper_account>)JSON.deserialize(Accountsupdate,List<wrapper_account>.class);
        list<account> acc= new list<Account>();
        system.debug('list'+ListAccountsupdate);
        list<contact> contactstoupdate = new list<contact>();
       If(ListAccountsupdate.size()>0)
       {
           for(wrapper_account a:ListAccountsupdate)
           {
           
            acc.add(new account(name=a.name,billingcity=a.billingcity,phone=a.phone,id=a.id));
               for(wrapper_contact c :a.contacts)
           {
            contactstoupdate.add(new contact(firstname=c.name,description=c.description,phone=c.phone,id=c.id));   
           }
           
           }
           
       }
       update acc;
       update contactstoupdate;
        
    }
    Public class Wrapper_Account
    {
         @AuraEnabled
        public boolean selected {
            get;
            set;
        }
        @AuraEnabled
        public String Name {
            get;
            set;
        }
        @AuraEnabled
        public String BillingCity {
            get;
            set;
        }
        @AuraEnabled
        public String Phone;
        @AuraEnabled
        public String Id {
            get;
            set;
        }
         @AuraEnabled
        public List<wrapper_contact> Contacts {
            get;
            set;
        }
       Public Wrapper_Account(boolean selected,string name,string Phone,string Billingcity,list<wrapper_contact> contacts,String ID)
       {
           this.selected=selected;
           this.name=name;
           this.phone=phone;
           this.billingcity=billingcity;
           this.contacts=contacts;
           This.Id=ID;
       }
        
    }
    Public class Wrapper_Contact
    {
         @AuraEnabled
        public boolean selected {
            get;
            set;
        }
        @AuraEnabled
        public String Name {
            get;
            set;
        }
        @AuraEnabled
        public String Description {
            get;
            set;
        }
        @AuraEnabled
        public String Phone;
        @AuraEnabled
        public String Id {
            get;
            set;
        }
        @AuraEnabled
        public String AccountId {
            get;
            set;
        }
       Public Wrapper_Contact(boolean selected,string name,string Phone,string description,String ID,String AccountId)
       {
           this.selected=selected;
           this.name=name;
           this.phone=phone;
           this.description=description;
           This.Id=ID;
           This.AccountId=AccountId;
       }
        
    }
}​