Hi Leticia,

1. Remove the slds-m-top_x-large class from Buscar button.
2. Add the below mentioned style.

Please try the below changes:

<aura:component implements="force:appHostable,flexipage:availableForAllPageTypes,force:hasRecordId">
    <!-- <aura:handler name="init" value="{!this}" action="{!c.doInit}"/> -->
    <aura:attribute name="contractNumber" type="String"/>
    <aura:attribute name="startDate" type="String"/>
    <aura:attribute name="endDate" type="String"/>
    <aura:attribute name="protocolNumber" type="String"/>
    <div class="slds-grid slds-gutters">
        <div class ="slds-col slds-size_2-of-12">
            <p>Contrato</p>
            <lightning:combobox disabled="{!v.documentType}" aura:id="cmbAsset" value="{!v.contractNumber}" 
                                onchange="{!c.onRadio}" placeholder="Selecione um contrato"
                                />
        </div>
        
        <div class="slds-col  slds-size_5-of-12">
            <span class="slds-radio">
                <input type="radio" aura:id="radioData" checked="true" 
                       id="dataRadio" name="tipoBusca" value="dataRadio" onclick="{!c.getOptionsData}" />
                <label class="slds-radio__label" for="dataRadio">
                    <span class="slds-radio_faux"></span>
                    <span class="slds-form-element__label">Por data:</span>
                </label>
            </span>
            
            <div class="slds-grid">
                <div class="slds-col slds-size_1-of-2">
                    <lightning:input aura:id="startDate" type="date" value="{!v.startDate}" max="{!v.maxDate}" min="{!v.minDate}"
                                     messageWhenBadInput="Data inválida." 
                                     />
                </div>
                <div class="slds-col slds-size_1-of-2">
                    <lightning:input aura:id="startDate" type="date" value="{!v.endDate}" max="{!v.maxDate}" min="{!v.minDate}"
                                     messageWhenBadInput="Data inválida."  />
                </div>
            </div>
        </div>
        
        
        <div class="slds-col  slds-size_3-of-12">
            <span class="slds-radio">
                <input type="radio" aura:id="radioNumber"  id="number"
                       name="tipoBusca" value="number" onclick="{!c.getOptionsNumber}" />
                <label class="slds-radio__label" for="number">
                    <span class="slds-radio_faux"></span>
                    <span class="slds-form-element__label">ou número de protocolo:</span>
                </label>
            </span>
            <lightning:input   aura:id="protocolNumber" class="tallTextArea" value="{!v.protocolNumber}" 
                             maxlength="20" />
        </div>
        <div class="slds-col slds-size_2-of-12">
            <div class="buttontopalign">
                <lightning:button label="Buscar" iconName="utility:search" iconPosition="left"
                                  onclick="{!c.callProtocols}"  disabled="{!v.disabledButton}">
                </lightning:button>
            </div>
        </div>
    </div> 
</aura:component>

=========


In Aura Bundle add the below css in Style:

.THIS .buttontopalign{
    margin-top: 39px;
} 

Thanks,
Maharajan.C